San Marcos se caracteriza por contar con una estructura productiva diversificada. Ocupan la mayor proporción de áreas sembradas los cultivos tradicionales con un alto potencial productivo como el arroz, el maíz, la yuca, el ñame, entre otros. La actividad ganadera se caracteriza por ser extensiva en el uso de la tierra. Cámara de Comercio Sucre 2019

Según Terridata-DNP, los principales cultivos transitorios son el maíz (19,12%), el arroz (77,99%) y la patilla (2,89%). Además, este municipio se caracteriza por tener cultivos de carácter permanente, lo cual debería ser un incentivo para la tecnificación y mayores rendimientos, sin embargo, en el territorio esta tendencia no ha sido visible y el sector aún está rezagado. Entre los principales cultivos permanentes se encuentran la yuca (74,79%), el plátano (6,73%) y el coco (5,70%), entre otros (12,78%).

Según el Plan de Desarrollo Municipal 2020-2023 “San Marcos Avanza”, la actividad económica principal es el comercio, que representa 47% de la economía del municipio, seguida por las industrias de manufacturas, que representa la mayor generación de activos, y en tercer lugar el sector de alojamientos con un 13% de la economía. La agricultura, la ganadería, la caza y sus actividades y servicios conexos tienen un porcentaje de participación del 2,6%.